警队的“绝密档案”，是指至今仍未侦破，科学查证又不能合理解释的悬疑案件。阳任职警察部专案小组十多年，对这些谜题甚感兴趣，奈何职权所限，遂决定与好友Judy请辞警队并成立天眼研究所。成立第一天，一位神秘人物出现，提供经费并留下Helen的失踪档案。经调查后，二人发现Helen与失落文明玛雅文化有关，考古学家推论这文明乃外星人所建立，更与末日预言扯上关系...

Tammy发现自己患上梦游，她知道自己入睡后曾经外出，并带回了一些不属于自己的物品，身上染上不属于她的血迹，她为此而感到十分震惊，因为她想不起自己曾作过何事。Tammy找上了天眼侦缉研究所，要求Sam对她作出调查。与此同时，城中传出新界一些农场出现禽畜遭大型动物袭击事件，神秘人又再出现要求Sam调查此案件。调查期间，Sam发现袭击农场的竟是一个精神异常的人类，并在其体内找到美洲豹基因。此人是素食者...